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コータのグラヴィオン。あの必殺武器は原作一期最終話で一回使って壊れたアレでしょうか。

EXACTLY（その通りでございます）

この世界の果てにの9話でコンピューターがやられたあとにユグドラシルしか味方ユニットがでないのですが？

9話ではアイテム交換の選択肢が終わった後に他のユニットが出撃するようになっていますが、それが行われなかったという事でしょうか？
フルセットと差分で試してみましたが、そのようなバグは発生しませんでした。